Avrupa Karaağacı bonsaisinde budama ve şekillendirme, ağacın hem sağlıklı kalması hem de dengeli bir bonsai formu oluşturması için düzenli olarak yapılmalıdır. İlkbahar ve yaz aylarında yeni sürgünler hızla uzadığından, bu sürgünleri kısaltarak hem daha sık bir yapraklanma elde edebilir hem de ağacın genel formunu koruyabilirsiniz. Daha kalın dal kesimlerini ise genellikle geç sonbaharda veya erken ilkbaharda yapmak, ağacın daha hızlı iyileşmesine yardımcı olur. Şekillendirme için telleme yapılacaksa dalların esnek olduğu dönemler tercih edilmeli, teller düzenli olarak kontrol edilip dal üzerinde iz bırakmayacak şekilde zamanında çıkarılmalıdır. Amaç, ağacın doğal görünümünü bozmadan yönlendirmek ve güçlü, dengeli ve estetik bir yapı oluşturmaktır.