Avrupa Karaağacı bonsaisini gübrelerken düzenli ama dengeli bir besleme programı uygulamak sağlıklı ve güçlü bir büyüme için çok önemlidir. İlkbahardan sonbaharın başına kadar, yani aktif büyüme döneminde, ayda bir kez sıvı veya yavaş salınımlı bonsai gübresi kullanmak yeterlidir; sonbahar ilerledikçe gübre miktarı azaltılmalı, kış döneminde ise bitki dinlenmeye geçtiği için tamamen durdurulmalıdır. Aşırı gübre kullanmak köklerde yanmaya ve yapraklarda deformasyona yol açabileceğinden, doz ayarına dikkat etmek gerekir. Organik içerikli gübreler, mikro besin takviyeleri ve dengeli NPK oranına sahip ürünler Avrupa Karaağacı için oldukça uygundur. Temel hedef, bitkiyi yormadan düzenli besleyerek hem güçlü kök gelişimini hem de sağlıklı bir gövde ve dal yapısını desteklemektir.